La secuenciación del microbioma reviste una particular importancia no solo desde el punto de vista de la descripción de su composición, sino que también porque se ha establecido que estos microorganismos son sorprendentemente diversos y abundantes. Posteriormente, resulta ser un gran desafío el disminuir y cuantificar el sesgo en la secuenciación paralela masiva de microbiomas. Este sesgo se presenta en diferentes etapas, desde la toma de muestra hasta los análisis datos, por lo tanto, se generan resultados poco representativos del microbioma en estudio.
Hace ya más de cinco años, se comenzó la iniciativa de definir el metagenoma microbiano humano, y se piensa que podría contener ocho millones de genes codificantes para proteínas; es decir, 360 veces más que nuestro mismo genoma. Esta información claramente servirá de base para los estudios de salud y patologías en los seres humanos.
Las muestras utilizadas actualmente son conocidas como muestras exigentes, ya que su carga de microorganismos para el estudio es bastante alta; de hecho, se han circunscrito a un número acotado de microorganismos (119 bacterias) las que se han constituído como “el cartel de bacterias más buscadas”. El tipo de muestras utilizadas proviene de vías respiratorias, piel, cavidad oral, tracto digestivo y vagina, por lo tanto, se hace aún más necesario el establecer controles en todas las etapas previas a la secuenciación.
Existen hoy mecanismos para validar con precisión y calidad el procedimiento a lo largo de todo el flujo de trabajo, por lo que se debe comenzar por una toma de muestra que evite la degradación y la contaminación de los ácidos nucleicos. El uso de estándares que permiten comparar resultados facilita la validación del procedimiento en diferentes etapas del ensayo. Un estándar de comunidad microbiana de perfil conocido permite validar el protocolo de extracción de DNA, mientras que un estándar de DNA de la misma comunidad microbiana facultará validar la secuenciación y el análisis de datos.
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