Las muestras fijadas con formalina y embebidas en parafina generalmente son muy utilizadas en la conservación de tejidos asociados normalmente a estudios patológicos. Las muestras de tejido son fijadas con formalina para preservar la estructura proteica y del citoesqueleto, y posteriormente, son embebidas en parafina para ser sometidas a cortes mediante un micrótomo. La formalina forma enlaces cruzados irreversibles entre proteínas, lo que mantiene la integridad estructural de las células. Sin embargo, los enlaces cruzados tienen un efecto nocivo en los ácidos nucleicos, por lo que el extraer información genética intacta de este tipo de muestras supone un reto, ya que estos sufren un daño y una degradación severa en la preparación de la muestra y el proceso de almacenamiento.
Históricamente, la purificación de ácidos nucleicos u otros analitos desde muestras fijadas en parafina/formalina (FFPE) es un procedimiento dificultoso, principalmente debido a la ineficiencia del proceso de reversión de la fijación, el cual, a menudo, contribuye a la degradación de ADN y ARN, lo que repercute directamente en el rendimiento de las etapas siguientes. Lo anterior no es solo una pérdida causada por el bajo poder de extracción del analito, sino que también, porque este tipo de muestras constituyen, muchas veces, muestras únicas o puntuales de un estadío específico del tejido en un proceso patológico.
Dada la importancia de estas muestras, ya que muchos tejidos representan resultados clínicos, que podrían resultar en una mina de oro de información cuando se realizan los análisis genéticos, se hace necesario disponer de métodos de extracción, eficientes y óptimos, para generar cantidades de ADN y ARN en buen estado. El desarrollo de kits de extracción que permitan tratar una cantidad suficiente y razonable del corte, de tal modo que generen la obtención de ácidos nucleicos mínimamente degradados, constituye un desafío constante.
Por lo anterior es que compañías con un alto nivel de innovación tecnológica desarrollan y optimizan continuamente sus metodologías. Zymo lanzó recientemente una línea de kits de extracción de FFPE, “Quick-DNA™ FFPE” y “Quick-RNA™ FFPE” de última generación diseñados para el aislamiento sencillo, confiable y rápido de nucleicos totales (ADN, ARN, incluyendo especies pequeñas de ADN y ARN) desde muestras preparadas en formalina/parafina.
El “Quick-RNA™ FFPE” aumenta la calidad de ARN obtenido y permite mejorar significativamente los rendimientos de la RT-PCR cuando se compara con otros kits de extracción del mercado, alcanzando mejor rendimiento tres ciclos antes de sus competidores y, por lo tanto, un resultado indiscutiblemente superior. Estos ensayos no utilizan solventes orgánicos, es decir, no son tóxicos e incluyen DNasa I. Esto permite, si el usuario lo desea, co-purificar ADN y ARN.
Estos kits se sustentan en la tecnología única de Zymo (“Spin-column”), la que es capaz de recuperar ADN y ARN de alta calidad en solo 6 µl de eluyente, incluyendo ARN pequeños de 17-200 nt, listos para las etapas posteriores de la investigación.
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